La ville a déjà subi dans les passé deux sièges en 1191 et 1291. Cette fois, elle abrite la garnison turque de Djezzar Pacha, soutenue par la flotte britannique de l'Amiral Sidney Smith.

L'armée française qui comptait 13 000 hommes à son entrée en Égypte peut en mobiliser 9 000  pour le siège de la ville.

Alors que les assiégés tentent à plusieurs reprises des sorties pour rompre leur isolement, Djezzar Pacha lève des troupes dans toute la Syrie. Les Français tentent des assauts qui sont repoussés.Finalement, la retraite est ordonnée aux troupes. La peste se déclenchant, l'armée emmène avec elle des malades qui propagent l'épidemie, notamment à Jaffa. Les soldats arrivent finalement au Caire le 14 Juin.

Les malades de Jaffa ont été abandonnés.

Antoine-Jean Gros peindra cependant en 1804 un tableau, « les pestiférés de Jaffa » montrant toute la sollicitude de Bonaparte, alors commandant en chef des armées, envers ces malades. Il est vrai que ce dernier est le commanditaire du tableau.

Submergé par les Turcs dans le nord du pays, Bonaparte, à la veille du 18 brumaire, abandonne seul la Palestine et fait endosser les défaites par Kléber qui lui succède.

Après son départ, les Anglais, alliés des Turcs, commandés par William Sidney Smith, reconstruisent les murs de Jaffa.

1 Biographie universelle (Michaud) ancienne et moderne, tome XI. Voir aussi Montefiore, biographie de Jérusalem.

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