En 1964 le pape Paul VI était venu à Jérusalem, alors partagé entre Israël et la Jordanie. Sa visite se voulait exclusivement religieuse, dans le seul but, répété à maintes reprises, de « vénérer les lieux saints ».

La visite de Jean-Paul II est plus politique. Pape d'origine polonaise, il vient d'un pays où la Shoah a été plus destructrice qu'ailleurs. Il est en outre engagé dans le rapprochement entre Juifs et Chrétiens. En 1986, il s'était rendu à la grande synagogue de Rome, où il évoquait les Juifs comme des ‘grands frères’. Il déclare

 En tant qu’évêque de Rome et successeur de l’apôtre Pierre, j’assure le peuple juif que l’Église catholique, motivée par la loi évangélique de vérité et d’amour et non par des considérations politiques, est profondément attristée par la haine, les actes de persécution et les manifestations d’antisémitisme dirigées contre les Juifs par des chrétiens en tous temps et en tous lieux, 

Pour le premier ministre Ehoud Barak il a fait plus qu’aucun autre dirigeant de l’Église pour ‘panser les plaies amères qui ont suppuré durant de nombreux siècles’.

Pour d’autres, beaucoup plus nombreux, la visite du Pape à Yad Vashem est un rendez-vous manqué. Après avoir maladroitement parlé trois fois en deux jours des préjugés antichrétiens chez les Juifs (en réalité inexistants) et défini l’extermination des Juifs d’Europe comme le résultat exclusif d’une « idéologie sans Dieu », Jean-Paul II a déçu les espoirs de ceux qui attendaient surtout la reconnaissance de la responsabilité historique de l’Église catholique et de sa doctrine dans la diffusion de l’antisémitisme en Europe. Et surtout, le Pape n’a prononcé aucun mot sur l’attitude de l’Église durant la Shoah. Il n’a pas non plus demandé pardon pour le silence de son prédécesseur Pie XII, pape en fonction pendant la Seconde Guerre mondiale, « un pape qui n’a pas dit un mot alors que des rivières de sang coulaient dans toute l’Europe », a déploré le Grand Rabbin ashkénaze Meïr Lau.1