Jérusalem (ainsi que toute la Syrie) est conquise par le Romain Pompée.
Pompée, général Romain a fait partie du premier triumvirat avec César et Crassus par lequel les trois se partagent le pouvoir à Rome en 60 av. J.-C. . Il est l'adversaire de César (qui le déclare ennemi public) lors de la guerre civile qui éclate en 49 av. J.-C.
Pompée est assassiné en Égypte par Ptolémée XIII, pour faire plaisir à César. Ce dernier fera tout de même exécuter tous les artisans de la disparition de Pompée. La sœur (et épouse) de Ptolémée est Cléopâtre VII qui sera aussi la compagne de César et de Marc Antoine, le rival d'Auguste.
En 63 av. J.-C., à la suite de sa victoire lors de la troisième guerre mithridatique, Pompée le Grand intervient dans la guerre civile en Judée qui oppose les deux frères Hyrcan II et Aristobule II.
Hyrcan II ou Jean Hyrcan II est un grand prêtre du Temple de Jérusalem et un roi appartenant à la dynastie des Hasmonéens (mort en -30). Il est le fils d'Alexandre Jannée et de Salomé Alexandra. Aristobule II est son frère.
À la mort de sa mère, Salomé Alexandra en 67 av. J.-C., Aristobule entre en conflit pour le trône de Judée avec son frère. Hyrcan est défait près de Jéricho et se réfugie dans la forteresse du Temple. Les deux frères font la paix : Aristobule devient roi tandis qu’Hyrcan se contente du titre de « frère du roi ».
Mais l’homme fort du parti d’Hyrcan, le gouverneur de l’Idumée Antipater, n’accepte pas cet accord. Il entraîne Hyrcan à Pétra auprès d’Arétas III de Nabatène qui lui confie une armée.
Aristobule II, vaincu par Hyrcan, s’enferme dans Jérusalem. Le général romain Scaurus fait alors lever le siège de Jérusalem. Arétas se retire à Philadelphie et Aristobule II peut battre les partisans d’Hyrcan à Papyron.
Délivré par les Romains qu'il avait appelés à son secours, il ne tarde cependant pas à se brouiller avec eux.
Assiégé dans l'Alexandrion puis dans Jérusalem par Pompée, il est pris après une longue résistance en -63, et envoyé captif à Rome.
Il parvient à s'enfuir en -57, essaye de soulever de nouveau la Judée, mais est vaincu et pris une seconde fois. En -49, Jules César le libère pour l'envoyer en Syrie avec deux légions et empêcher Pompée de mobiliser des troupes. Mais les partisans de Pompée empoisonnent Aristobule. Marc Antoine fit plus tard envoyer sa dépouille en Judée, où il reçoit des funérailles royales.
Un de ses fils, Jonathan Alexandre II, est décapité à Antioche par ordre de Pompée en 49 av. J.-C., alors que sa fille, prénommée Alexandra prend pour époux Philippion, fils du tétrarque Ptolémée de Chalcis (Ptolémée fils de Mennaios). Son autre fils, Antigone Mattathiah, sera le dernier roi hasmonéen.
Pompée s'empare de Jérusalem et nomme Hyrcan grand prêtre. Le pouvoir réel est désormais entre les mains d'Antipater l'Iduméen1.
En 57 av. J.-C., Aulus Gabinius rétablit à nouveau Hyrcan à la suite d'une révolte d'Aristobule ou de son fils.
En 49 av. J.-C., Antipater incite Hyrcan à se ranger aux côtés de Jules César dans la guerre civile entre César et Pompée. Après sa victoire, César confère le titre d’ethnarque2 à Hyrcan et d’epitropos (ou procurateur) à Antipater.
Quelques années plus tard, Antipater nomme ses fils Phasaël et Hérode (futur Hérode le grand) gouverneurs militaires, 'stratèges', respectivement de Jérusalem et de Galilée. Après la guerre civile des Libérateurs, Hyrcan et Antipater deviennent clients3 de Marc Antoine, qui est dorénavant à la tête de l'Orient romain
1 L'Idumée est située au nord du Neguev au niveau du la limite sud de la mer morte.
2 Monarque d'un groupe ethnique homogène
3 A Rome, le clientélisme désigne une relation de services mutuels entre deux personnes de statut social différents, liés par le fides, la loyauté.