De - 40 à -30 a lieu la guerre entre Rome et l'empire Parthe1.
La guerre commence par une offensive parthe menée par Pacorus Ier de Parthie, le général parthe Barzapharnès et le républicain romain Quintus Labienus. Ce dernier s'est rallié à l'empire parthe suite à la défaite des Républicains et l'assassinat de Jules César en 44 av JC.
Le lieutenant d'Antoine, Ventidius Bassus les écrase puis vainc à nouveau une offensive parthe de Pacorus en 38 av. J.-C., devenant le premier Romain à triompher des Parthes.
En Judée, les forces juives pro-romaines du grand prêtre Hyrcan II, de Phasaël et d'Hérode sont battues par les Parthes et leur allié juif Antigone II Mattathiah (petit fils d'Alexandre Janée, le frère ennemi de Jonathan) ; ce dernier est fait roi de Judée par les Parthes tandis qu'Hérode s'est enfui vers sa forteresse de Massada.
Marc Antoine ordonne à Caius Sosius, nouveau gouverneur de Syrie et de Cilicie à la place de Publius Ventidius Bassus, de soutenir Hérode contre Antigone, alors que ce dernier est en possession de Jérusalem. Sosius s'empare de l'île et de la ville d'Aradus sur la côte de la Phénicie2 à la fin de l'année .
"En 40 av. J.-C., les Parthes envahissent la Syrie-Palestine et soutiennent Antigonos pour prétendre au trône de Judée au détriment d'Hyrcan II. Les deux partis s’affrontent dans Jérusalem.
Le général Parthe invite Phasaël et Hérode à se rendre devant son chef le satrape Barzapharnès pour faire la paix. Hérode refuse, mais Phasaël accepte avec Hyrcan II. Ils sont fait prisonniers.
Hérode parvient à sortir de Jérusalem avec 9 000 hommes et emmène sa famille. Le convoi tombe dans une embuscade. En ce lieu sera par la suite édifié l'Hérodion3 en souvenir de ce qu'Hérode appellera son plus grand combat.
Il parvient à mettre sa famille en sécurité à Massada et va chercher du renfort à Pétra.
Les Parthes s'emparent alors de Jérusalem, descendent le long de la côte jusqu'à Gaza et s'installent en Idumée.
Pour une courte période toute la Syrie y compris la Judée a été subjuguée, à quelques exceptions près, dont la ville fortifiée de Tyr. Se sachant prisonnier, Phasaël se suicide et Hyrcan II est emmené prisonnier par les Parthes en Parthiène. Avant sa déportation, son frère Antigon II Mattathiah obtient qu'une de ses oreilles soit tranchée, ce qui lui interdit définitivement de pouvoir exercer la fonction de Grand prêtre d'Israël. « À Jérusalem, libérée ou occupée par les Parthes, selon le point de vue qu'on adopte, Antigonos est intronisé à la fois comme roi et grand-prêtre.
Le royaume hasmonéen a officiellement été restauré, mais dans les faits, c'est un protectorat parthe. »
Hérode , mal reçu par le roi de Nabatène Malichos Ier, rejoint Alexandrie puis Rome. Mieux reçu par Antoine et Octave, il est proclamé roi de Judée à l'unanimité du Sénat romain en décembre 40 av. J.-C. La décision du Sénat est exceptionnelle, les Romains ayant pour principe de n'accorder le titre royal qu'aux descendants des anciennes dynasties. Hérode y gagne le nom de Hérode le grand.
Mais le succès initial rencontré par les Parthes est sans lendemain : en 39 av. J.-C., le général romain Publius Ventidius Bassus contre-attaque et vainc Labienus, qui est tué dans la bataille. Il défait ensuite Pacorus Ier lors de la bataille de Gindarus en Syrie du nord, lors de laquelle celui-ci est tué.
1 Situé au nord de l'Iran actuel. L'empire a laissé notamment une expression 'la flèche du Parthe', en référence à la ruse qui consistait pour les cavaliers en fuite à envoyer une flèche par dessus l'épaule au poursuivant qui ne s'y attendait pas.
2 La Phénicie correspond à peu près au Liban actuel.
3 L'Hérodion est une colline artificiellement exhaussée de 91 mètres, située près de Bethléem , dans laquelle, Hérode a fait construire un palais. L'archéologue Ehud Netzer a annoncé en 2007, y avoir trouvé le tombeau, vide, de Hérode le Grand, comme l'avait écrit Flavius Josèphe.