Anciennement synagogue du Jubilé, le bâtiment se situe rue de Jérusalem, dans la nouvelle ville, hors du ghetto, contrairement aux autres synagogues de la ville.
Elle est facilement reconnaissable avec sa façade très colorée de style combiné art nouveau et néo-mauresque
Construite en remplacement de trois synagogues (la Zigeiner, la Velkodvorská et la Nouvelle) détruites entre 1898 et 1906 lors de la rénovation, Elle est l’oeuvre de l’architecte Wilhlem Stiassny. On lui doit de nombreux monuments juifs et la cofondation du Musée juif à Vienne.
Bien que l'association qui releva le défi de sa construction fût fondée en 1896, il fallut attendre dix ans avant que la synagogue ne soit inaugurée. C'esf la dernière synagogue construite à Prague
Initialement, elle portait le nom du Temple du Jubilé de l'empereur François-Joseph, pour commémorer le 50e anniversaire de son règne, en 1898. Après la Première Guerre mondiale, son nom actuel, « Synagogue de Jérusalem », dérivé du nom de la rue où elle se trouve, gagna peu à peu du terrain.
Ce nom n'a cependant aucun lien avec la synagogue : la rue porte le nom de l'ancienne chapelle Saint-Henri de l'église de Jérusalem, située à proximité.
La synagogue de Jérusalem se distingue par le fait qu'elle est l'une des huit synagogues construites selon les plans de W. Stiassny, où des services religieux sont encore célébrés.
La seule interruption eut lieu pendant la guerre de 1941 à 1945, lorsqu'elle servit de dépôt aux biens juifs saisis.
Sa construction a coincidé avec le Jubilée, les cinquante ans de règne de l’empereur François-Joseph. Entrée en service en 1906, elle a toujours accueilli des offices religieux, à l’exception de la période de l’occupation de la Bohême par le IIIe Reich.
Le sanctuaire reprend les dispositions du plan basilical antique (vaisseau principal bordé par des collatéraux). L'espace est divisé en deux niveaux : un niveau inférieur, réservé aux hommes, et un niveau supérieur, matérialisé par des tribunes ou mekhitsa, traditionnellement réservées aux femmes[2]. La décoration intérieure est fortement influencée par les courants architecturaux orientalistes (jeu d'arcs en accolade, polylobés ou à lambrequins, chapiteaux composites) et marquée par une omniprésente polychromie.
Au fond du sanctuaire, le regard porte vers l'Arche sainte (Aron Ha Kodesh), ménagée dans un grand arc outrepassé. La voûte en étoile est percée en son centre d'un oculus orné d'un vitrail représentant une étoile de David. Les murs sont ornés de part et d'autre d'un verset biblique :
« Je lèverai mes yeux vers les montagnes. D'où viendra mon secours ? (Psaumes, 121:1) »
En avant de l'Arche, une estrade (Bimah) est utilisée pour la lecture de la Torah.
À l'opposé, à l'entrée de la synagogue, une tribune accueille les grandes orgues, œuvre de l'organier Emanuel Štěpán.
