En février 1948, le moine responsable de la bibliothèque du monastère examina attentivement les rouleaux et fut le premier à en apprécier l'importance scientifique. Il contacta l'École américaine d'archéologie de Jérusalem, devenue par la suite l'Institut Albright, puis le Dr J. Trever, qui reconnut immédiatement que les rouleaux étaient écrits en hébreu et demanda l'autorisation de les photographier. Les photographies furent envoyées au professeur Albright aux États-Unis, qui confirma l'originalité des rouleaux et détermina qu'ils dataient du début de l'ère chrétienne. Après la guerre d'Indépendance, les quatre rouleaux furent envoyés aux États-Unis pour être vendus au plus offrant. Le professeur Yigael Yadin parvint à réunir une importante contribution et les acheta pour le Sanctuaire du Livre à Jérusalem en juin 1954.

L'histoire des trois autres rouleaux de la grotte 1 de Qumrân fut bien plus passionnante. À la veille de la déclaration des Nations Unies sur la création de l'État d'Israël, le professeur E.L. Sukenik, le père du professeur Yadin, fut informé que trois rouleaux se trouvaient dans la boutique d'un antiquaire de Bethléem. Par des moyens audacieux et peu orthodoxes, Sukenik parvint à établir leur originalité et négocia leur achat pour le futur État d'Israël. C'est ainsi qu'en 1954, les sept rouleaux se retrouvèrent en Israël. Parmi eux, deux rouleaux du Livre d'Isaïe, le Livre d'Habacuc, le Rouleau d'Action de grâce, le Rouleau de la Règle de la Communauté (le Manuel de Discipline), la Guerre des Fils de la Lumière contre les Fils des Ténèbres et un rouleau apocryphe de la Genèse. L'ensemble de ces rouleaux est représentatif de ce qui fut découvert plus tard à Qumrân : un mélange d'écrits bibliques et de textes apocryphes, principalement des écrits caractérisant les sectes du désert de Judée et la conception de leur monde dualiste. 

Début 1949, le Père R. de Vaux, de l'École Biblique et Archéologique Française de Jérusalem-Est, et le directeur du Département des Antiquités jordanien, L. Harding, se rendirent à la « Grotte 1 » de Qumrân. Ils y fouillèrent ce que les Bédouins avaient laissé derrière eux et découvrirent le site de Qumrân et d'autres grottes. Suite à ces découvertes, ils organisèrent une vaste expédition archéologique qui y effectua des fouilles entre 1951 et 1956. À la fin de la première saison, Harding quitta l'expédition et fut remplacé par l'érudit polonais Milik, devenu le bras droit de de Vaux. Ils découvrirent sur place le centre d'une secte juive très religieuse, qui respectait scrupuleusement les lois de pureté et de souillure. Le site atteignit son apogée à la fin du Ier siècle avant J.-C. et au Ier siècle de notre ère, à l'époque où les manuscrits étaient également écrits. Le site fut détruit lors de la Grande Révolte, peu après la destruction de Jérusalem et du Temple. Onze grottes ont été découvertes à proximité du site. De nombreuses trouvailles et fragments de parchemins ont été récupérés à l'intérieur des grottes, parmi lesquels le rouleau de cuivre de la grotte 3 et des milliers de fragments de parchemin de la grotte 4, qui servaient probablement d'archives aux habitants de Qumrân. Malgré tous leurs efforts, les Jordaniens ne parvinrent pas à protéger les grottes et, entre les campagnes de fouilles, des pilleurs d'antiquités bédouins y menèrent leurs propres fouilles clandestines. En 1956, ces pilleurs découvrirent le rouleau du Temple dans la grotte 11 ; il s'agit du plus grand et du plus complet des rouleaux de Qumrân, et il fut vendu par les pilleurs à un antiquaire. Immédiatement après la guerre des Six Jours, le professeur Y. Yadin acheta le rouleau du Temple à l'antiquaire et, après en avoir étudié le texte, le publia. Comme je l'ai mentionné, le Père de Vaux et son équipe ont mené une étude approfondie des grottes du nord du désert de Judée. Au cours de cette étude, les Bédouins leur ont montré les trois grottes de Wadi Murabba'at, situées dans la partie supérieure du Nahal Dragot, qui se jette dans la mer Morte, près du kibboutz Mitzpe Shalem. En 1953, divers manuscrits ont été découverts dans les grottes de Wadi Murabba'at, où, pour la première fois, des lettres ont été découvertes, relatives à la révolte de Bar Kokhba, mentionnant même le nom du chef du soulèvement, Shimon Ben Kosiba.