La guerre de 1948 change la donne sur Jérusalem qui est occupée à l’ouest par les israliens et à l’est, dont la veille ville par les jordaniens. Ceux-ci expulsent immédiatement tous les Juifs de Jérusalem et de Judée-Samarie qu’elle renomme Cisjordanie.
La ligne d’armistice, plus tard appelée ligne verte, passe au milieu de la ville.
- Jérusalem-est est intégrée à la Jordanie par l’annexion du 24 janvier 1949. L'annexion ne provoque pas de réaction des Palestiniens, des pays arabes ou de l'ONU. Cependant seuls la Grande-Bretagne et le Pakistan reconnaissent l'annexion. La population de l’émirat de Tranjordanie, transformé en Royaume de Jordanie à l’occasion de l’annexion passe de 375 000 habitants dont des bédouins sédentarisés à 1,2 millions d'habitants dont 460 000 en Cisjordanie et 350 000 réfugiés palestiniens. Mais lLa Jordanie ne voulant pas que Jérusalem nouvellement acquise concurrence Amann laisse la ville se dégrader. La différence de développement entre l’ouest et l’est va croitre d’année en année durant les 19 ans de la présence jordanienne.
Entre 1948 et 1967, Jérusalem-est est donc aux mains de s Jordaniens. Ceux-ci, dans les accords d'armistice avec Israël s'étaient engagés à respecter les lieux saints et l'accés au mur occidental pour les Juifs . Au lieu de ça, ils ont détruit 56 synagogues, détruit le quartier Juif dans la vieille ville de Jérusalem et utilisés des pierres tombales sur le Mont des Oliviers y compris pour la construction de toilettes.
- Jérusalem-ouest devient la capitale d’Israël le 31 janvier 1950.
“ Il convient d’ouvrir ici une parenthèse pour rappeler que la distinction entre « Jérusalem-ouest » et « Jérusalem-est » ne découle pas de l’époque ottomane ni de celle du mandat britannique, mais du rapport de force entre les troupes de la Haganah et celles de la Légion arabe du royaume de Transjordanie au moment de la guerre de 1948.
Si la Convention d’armistice du 3 avril 1949 officialise cette situation, elle ne fait pas de la démarcation entre ces deux zones une frontière internationale. Par ailleurs, la Convention précise « qu’aucune clause de la présente convention ne préjugera en aucune manière des droits, revendications et position de l’une ou l’autre des parties à ladite convention lors du règlement pacifique définitif de la question palestinienne, les clauses de la présente convention étant exclusivement dictées par des considérations d’ordre militaire ». Il s’agit donc d’une ligne de séparation temporaire qui doit faire l’objet de négociation au moment des pourparlers sur le statut définitif de Jérusalem. Notons que contrairement aux usages diplomatiques habituels, la Convention d’armistice a été conclue sans indication de durée et elle a de ce fait un caractère perpétuel sans accord modifiant ou supplantant ses dispositions sur Jérusalem.
La revendication arabe de Jérusalem comme capitale s'est une fois de plus calquée en miroir sur les aspirations israéliennes. La ville n'a pas de signification particulière pour les arables de Palestine en dehors de son aspect religieux.
Troisième ville sainte pour l'Islam Sunnite elle n'a jamais été une ville particulièrement importante aux yeux des arabes de Palestine, si ce n'est pour ces deux symboles que sont le Dôme du rocher et la mosquée Al-Aqsa. Au fur et à mesure que le mouvment indépendantiste palestinien se construit, après 1967, il passe d'une laïcité affichée à un rattachement fort à l'Islam, et maintenant à l'Islamisme.
Ainsi du fait de ce rapprochement du politique et du religieux, mais aussi pour contrecarrer les aspirations israéliennes sur la ville, Jérusalem devient la ville souhaitée comme Capitale d'un future Etat palestinien. Une première revendication, somme toute assez récente est connue en 1977. Elle est attribuée à Zuhair Mohsen, un responsable de l'OLP qui déclarait pour la première fois : " la question palestinienne est une question de libération nationale et le peuple palestinien n'acceptera pas une solution de paix qui ne garantisse pas son droit à établir son propre Etat, avec Jérusalem pour Capitale
